Википедия:Кандидаты в хорошие статьи/4 мая 2020

Кандидаты в хорошие статьи На этой странице обсуждаются кандидаты в хорошие статьи русской Википедии. В ходе обсуждения статьи может быть принято решение о её номинации в избранные.

Правила обсуждения Вниманию обсуждающих От принимающих участие в обсуждении ожидается ответственность в своём выборе: перед голосованием прочитайте статью полностью. При обсуждении, пожалуйста, придерживайтесь следующих принципов: Вниманию номинаторов статей Процедура обсуждения Если вы считаете, что статья достойна статуса хорошей, нажмите надпись править справа от заголовка «За», проставьте под заголовком (или под оценкой предыдущего участника) нумерованный шаблон {{За}}, поясните причины вашего решения, подпишитесь при помощи четырёх тильд и сохраните страницу. # {{За}}. Отличная статья. Тема раскрыта полностью. ~~~~   → 1. За. Отличная статья. Тема раскрыта полностью. Пьер Безухов 23:59, 31 декабря 2011 (UTC) Если вы считаете, что статья не достойна статуса хорошей, нажмите надпись править справа от заголовка «Против», проставьте под заголовком (или под оценкой предыдущего участника) нумерованный шаблон {{Против}}, укажите конкретные недочёты статьи, подпишитесь при помощи четырёх тильд и сохраните страницу. # {{Против}}. Тема раскрыта не полностью — статья нуждается в доработке. ~~~~   → 1. Против. Тема раскрыта не полностью — статья нуждается в доработке. Наташа Ростова 23:59, 31 декабря 2011 (UTC) Если вы хотите прокомментировать статью или ход её обсуждения, нажмите надпись править справа от заголовка «Комментарии», проставьте под заголовком (или под комментарием предыдущего участника) нумерованный шаблон {{Комментарий}}, введите текст вашего комментария, подпишитесь при помощи четырёх тильд и сохраните страницу. # {{Комментарий}} Хочу заметить, что... ~~~~   → 1. Комментарий: Хочу заметить, что... Поручик Ржевский 23:59, 31 декабря 2011 (UTC)

• Начинающим
• Сообщество
• Порталы
• Избранное
• Проекты
• Запросы
• Оценивание

В хорошие статьи

15 апреля

16 апреля

17 апреля

18 апреля

19 апреля

20 апреля

21 апреля

22 апреля

23 апреля

24 апреля

25 апреля

26 апреля

27 апреля

28 апреля

29 апреля

30 апреля

1 мая

2 мая

3 мая

4 мая

5 мая

6 мая

 | 

Молекулярный докинг

Здесь находятся завершившиеся обсуждения. Просьба не вносить изменений.

Статья о молекулярном докинге, ранее была номинирована на добротную, но не прошла по количеству символов. Была номинирована на хорошую. Также прошла рецензирование. Все замечания были исправлены. Evel147 (обс.)

За

Против

• Статья напоминает слабый студенческий реферат. Информации даже меньше, чем в книжке десятилетней давности (ISBN 978-5-9963-2401-9) -- можно было бы взять и переписать своими словами, пользы было бы больше. Отсутствует структура изложения, нет иллюстраций. В преамбуле нет краткого описания методов и области применения. Нет истории. Рассуждения про "ключ-замок" не имеют отношения к проблеме. Половина статьи написана не на русском языке ("В этой аналогии партнёры докинга — жёсткие тела, что неверно для молекулярных систем"; "сканирования библиотек различных соединений, как низкомолекулярных, так и комплексных"; "молекулярная поверхность рецептора описывается с точки зрения её доступности площади поверхности"). Постановка задачи не сформулирована. В раздел "сфера применения" навалены случайные факты, не связанные друг с другом. Раздел "подходы к моделированию" не соответствует реальности и не содержит даже самых распространённых методов (обратный образ сайта связывания, сборка лиганда в сайте, генетический алгоритм, жёсткий докинг). Для методов не изложена теория, не приведены блок-схемы алгоритмов. Затем происходит переход к виртуальному скринингу методом докинга, который вообще не имеет отношения к теме статьи: докинг -- это исключительно метод генерации способов связывания лиганда с рецептором и выбора оптимального среди них; возможность применения этого метода as is для виртуального скрининга является полезной плюшкой, но далеко не все методы докинга вообще стоит применять для виртуального скрининга. В статье регулярно употребляются жаргонизмы типа "симуляция", "стыковка", "поза", машинный перевод "цель" (на самом деле "мишень"). Оценочные функции, играющие ключевую роль в докинге, рассмотрены одним мини-абзацем, в котором упоминается только один тип из нескольких регулярно применяемых (эмпирические, статистические, на силовых полях, нейросетевые, мишень-специфичные и т.д.). Список программ приведён без каких-либо пояснений -- должны быть указаны как минимум алгоритм докинга, доступные оценочные функции, время выода первой версии, статья с описанием программы, разработчик, лицензия. Раздел про оценку алгоритмов вообще не имеет смысла -- фактор обогащения является метрикой успешности виртуального скрининга, но про другие метрики из примерно десятка базовых ни слова; словосочетание "сопоставительный анализ" не используется, методы не описываются. В общем, статья крайне сырая. Отказать. Bible Black 21:11, 17 мая 2020 (UTC)
• Статья была скорректирована и доработана в т.ч. постановка задачи, подходы к моделированию. Жаргонизмы исправлены, часть терминов принятых к употреблению (симуляция и поза) оставлены. Программы потенциально можно просто удалить, в связи с их огромным количеством и постоянным изобретением новых, вряд-ли это необходимо в контексте статьи. — Эта реплика добавлена участником Evel147 (о • в) 18:30, 20 мая 2020 (UTC)
  • «Симуляция» и «поза» — не термины, а жаргонизмы. Симулируют болезни и оргазмы, в этой статье ни про то, ни про другое. В русском научном языке для перевода слов «simulation» и «docking solution» используются слова «моделирование» и «решение докинга», соответственно. Остальные замечания вообще не исправлены. Советую отвечать подробно и по пунктам — какие изменения внесены. Bible Black 18:11, 20 мая 2020 (UTC)

Комментарии

• В статье имеются проблемы с проверяемостью, см. запросы источников по тексту. — Eruvanda (обс.) 11:30, 16 мая 2020 (UTC)
• Ещё один подход должен использовать дескрипторную технику формы Фурье. Надо бы викифицировать этот термин или как-то пояснить. — Eruvanda (обс.) 11:30, 16 мая 2020 (UTC)
• методы взаимозависимости формы. Несогласовано, может, метод определения взаимозависимости формы? — Eruvanda (обс.) 11:30, 16 мая 2020 (UTC)
• узнавать о гибкости лиганда. Не по-русски, как можно узнавать о гибкости лиганда? — Eruvanda (обс.) 11:30, 16 мая 2020 (UTC)
• Множество разных стратегий поиска в конформационном пространстве были применены для моделирования лиганда и рецептора. Следующий далее список ничего не говорит несведущему читателю. Надо хотя бы в двух словах пояснить, в чем суть каждой стратегии. — Eruvanda (обс.) 11:30, 16 мая 2020 (UTC)
• Исходные структуры могут быть гораздо быстрее семплированы. Надо пояснить, что значит "семплированы". — Eruvanda (обс.) 11:30, 16 мая 2020 (UTC)
• Построение раздела "Программы для молекулярной стыковки" нелогично. В конце идет длинный список без каких-либо комментариев, рядовой читатель даже не поймёт, что в нём перечислено. Ну и от accessdate в каждой ссылке рябит в глазах, думаю, его можно убрать. — Eruvanda (обс.) 11:30, 16 мая 2020 (UTC)
• В случае малых молекул для сопоставительного анализа могут быть взяты специальные референсные наборы Надо добавить пояснение, что имеется в виду под "референсные наборы". — Eruvanda (обс.) 11:30, 16 мая 2020 (UTC)
• Подраздел "Точность докинга" слишком короткий. Его нужно либо дополнить, либо слить с другими разделами. — Eruvanda (обс.) 11:36, 16 мая 2020 (UTC)

• Большое спасибо за комментарии. Все ссылки восстановлены и все замечания исправлены. Единственное, раздел "Программы для молекулярной стыковки" - был написан участниками ранее, в нем списком представлены некоторые программы для докинга. Ранее при номинировании было высказано замечание, что необходимо добавить accessdate в каждой ссылке, так как непонятно когда данные сервисы были проверены. В связи с замечанием они были добавлены. И сам список был обновлен. Evel147 (обс.)
• Со сносками 32 и 42 какая-то беда :( — Eruvanda (обс.) 20:43, 17 мая 2020 (UTC)
• Спасибо, все исправлено! Evel147 (обс.)

Итог?

Плюс к работе ОА, проделанной по замечаниям, я заменила «симуляцию» и «позу», удалила раздел "См. также", которого в ХС быть не должно и потенциально бесконечный список программ. Статья достаточна как краткое введение в предмет. Статья соответствует требованиям, статус присвоен. ОА совет на будущее избегать канцеляризмов вроде "данная задача", "решению определенным способом" и т.п. Victoria (обс.) 15:42, 8 июня 2020 (UTC)

• Victoria, вы это серьёзно? ни одно из принципиальных возражений, на которые я указал, не исправлено. В статье вообще нет введения в предмет, это несистематизированный сборник случайных фактов, в котором нет логики изложения. Bible Black 17:53, 8 июня 2020 (UTC)
  • Я с вами не согласна. Вы можете оспорить итог.— Victoria (обс.) 07:33, 9 июня 2020 (UTC)